Untuk menunjang tugas dan fungsinya, BPSI Tanaman Buah Tropika mempunyai 5 (lima) Laboratorium yang berlokasi di IP2SIP Aripan, IP2SIP Sumani dan IP2SIP Subang. Nama laboratorium tersebut yaitu:
- Laboratorium Pemuliaan dan Kultur Jaringan
Laboratorium Pemuliaan dan Kultur Jaringan berfungsi melakukan pengujian terkait dengan pemuliaan dan kultur jaringan tanaman buah tropika, seperti pisang, nenas, manggis dan lain-lain.
- Laboratorium Kimia dan Pasca Panen
Laboratorium Kimi dan Pasca Panen bertugas melaksanakan pengujian di bidang kimia dan pasca panen buah tropika. Laboratorium Kimia BPSI Buah Tropika telah terkakreditasi ISO/IEC 17025 : 2017 dengan ruang lingkup pengujian kimia tanah dan jaringan tanaman.
- Laboratorium Hama dan Penyakit Tanaman
Laboratorium Hama dan Penyakit Tanaman bertugas untuk melaksanakan pengujian hama dan penyakit tanaman buah tropika serta menghasilkan produk biokontrol
- Laboratorium Molekuler dan Uji Mutu
Laborotarium Molekuler dan Uji Mutu bertugas melaksanakan pengujian di bidang molekuler. Laboratorium ini juga sudah terakreditasi ISO/IEC 17025 : 2017 untuk ruang lingkup identifikasi Banana Bunchy Top Virus (BBTV) pada pisang dan uji kemurnian varietas dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR).
- Laboratorium Produksi Benih Kultur Jaringan
Laboratorium Produksi Benih Kultur Jaringan bertugas untuk memproduksi benih kultur jaringan pisang dan nenas secara masal untuk kebutuhan stakeholder BPSI Tanaman Buah Tropika